अर्थ मन्त्रालय महालेखा नियन्त्रक कार्यालय अन्तर्गत सवै जिल्लामा आर्थिक व्यवस्थापनको मूल जिम्मेवारी निर्वाह गर्न गठित कार्यालयको रुपमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय वि सं. २०३८ साल देखि संचालनमा रहेका छन् । जिल्लास्थित कार्यालयहरुमा जम्मा हुने सरकारी राजश्व तथा सार्वजनिक खर्च रकम व्यवस्थापनको कार्यका अलावा सार्वजनिक खरिद निवृत्तिभरण व्यवस्थापन तलवी प्रतिवेदन अन्तःशुल्क प्रशासन एवं विभिन्न संयन्त्रमा रही आर्थिक विषयका राय सुझाव उपलव्ध गराउने जस्ता भूमिका निभाउने कार्यमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयको महत्वपूर्ण स्थान रही आएको छ ।
कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय बागलुङले वि सं २०६७ साउन १ गतेबाट एकल खाता कोष प्रणाली लागू गरी सो वमीजिम आफ्नो कार्यलाइ कम्प्युटरीकृत प्रणालीमार्फत अगाडी बढाएको छ । जिल्लामा रह्का ४३ वटा कार्यालयहरु (भुक्तानी केन्द्र) मा सरकारी निति निर्देशन बमोजिम आर्थिक सुशासन कायम गर्ने कार्यमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय बागलुङ आफ्ना १० जना जनशक्तिका साथ क्रियाशिल रहेको छ ।